Danny Boyle debutoval jako celovečerní režisér v roce 1994 filmem Mělký hrob, který mu vynesl cenu BAFTA a celou řadu dalších ocenění včetně ceny pro nejlepší film na San Sebastian Film Festival, ocenění Empire Award pro nejlepšího režiséra a nejlepší film a Ceny Londýnských filmových kritiků pro největší vycházející hvězdu.

Jeho druhý film, Trainspotting, se stal jedním z komerčně nejúspěšnějších britských filmů všech dob. Kritiky ceněný film získal čtyři Empire Awards včetně těch pro nejlepšího režiséra a nejlepší film a byl nominován na ocenění BAFTA.
V roce 2002 Boyle natočil hororový hit 28 dní poté, který vydělal po celém světě přes 80 milionů dolarů. Film mu vynesl Saturn Award v kategorii nejlepší horor.

Mezi jeho další filmy patří Millions s Jamesem Nesbitem, Alexem Etelem a Lewisem McGibbonem, Pláž s Leonardem DiCapriem, Extra život s Ewanem McGregorem a Cameron Diaz a Alien Love Triangle. Jako producent se podílel na kontroverzním krátkém televizním snímku Alana Clarka Elephant a jako režisér na televizních filmech Strumpet, Vacuuming Completely Nude in Paradise a seriálu Mr. Wroe's Virgins, za nějž byl nominován na cenu BAFTA.

Jeho kariéra začala v divadle hrami Victory, The Genius a Saved, přičemž za režii poslední ze jmenovaných obdržel cenu Time Out Award. Režíroval také pět her pro Royal Shakespeare Company.