Prvním režisérským celovečerním debutem Rowana Joffe byl filmu Brighton Rock, který byl upraven podle stejnojmenného románu Grahama Greena. V tomto filmu hrají Sam Riley, Helen Mirren, John Hurt a Andrea Riseborough.

Rowan Joffe vyhrál cenu BAFTA za režii svého televizního filmu The Shooting of Thomas Hurndall, v kterém hrají Kerry Fox, Matthew McNulty, a Stephen Dillane, nominovaný na cenu BAFTA. Tento televizní film byl nominován rovněž na cenu BAFTA jako Best Single Drama; tento film získal nominaci na mezinárodní cenu Emmy za nejlepší televizní film/krátký seriál (Best TV-Movie/Miniseries). Rowan Joffe získal také cenu Zlaté nymfy (Golden Nymph Award) na televizním festivalu v Monte Carlu za Nejlepší režii.

Rowan Joffe také napsal a režíroval televizní film Secret Life, který přinesl Matthew Macfadyenovi nominaci na cenu BAFTA a cenu Královské televizní společnosti (Royal Television Society Award) za Nejlepšího herce; Joffe dále napsal scénář ke krátkému televiznímu filmu Turkish Delight, který režíroval Adrian Bean a kde hrál Denise Welch. Tento film byl vysílán na BBC1 jako součást programu “The Afternoon Play”; Joffe se rovněž podílel na scénáři k hororu 28 týdnů poté, který režíroval Juan Carlos Fresnadillo.

S režisérem Pawlem Pawlikowskim, napsal Joffe nezávislý oceněný celovečerní film Last Resort, v kterém hrál Paddy Considine a Dina Korzunová. Scénář získal nominaci na cenu British Independent Film Award a v roce 2000 tento film vyhrál cenu the Best New British Feature Award na Mezinárodním filmovém festivalu v Edinburghu. Stejnou cenu získal na tomto festivalu rok poté jeho televizní film Gas Attack, který režíroval Kenneth Glenaan podle původního scénáře Rowana Joffeho. Za tento scénář získal Joffe svou první nominaci na cenu BAFTA.