Stephen Gaghan se řadí mezi nejrespektovanější scénáristy a s režií Syriany se stává i vyhledávaným režisérem. V roce 1997 získal Gaghan ceny Emmy v kategorii Nejlepší dramatický scénář (za episodu v seriálu NYPD Blue “Where’s ‘Swaldo?). Jeho spolupráce s mnohými prominentními filmaři kulminovala v mnohá ocenění - Academy Award, British Academy Award, WGA Award a Zlatý Globus kategorii Nejlepší filmový scénář za snímek Stevena Soderberha Traffic: Nadvláda gangů, který je odvážným nahlédnutím do obchodu s narkotiky. Film se posléze stal kulturním fenoménem, vyvolal vážnou debatu o národní drogové politice, získal čtyři Oscary (i za Nejlepší režii a Nejlepšího herce ve vedlejší roli pro Benicia del Tora) a ještě k tomu celosvětově vydělal 200 milionů dolarů. Do roku 2005 než natočil film Syriana, který nahlíží do dravého a zkorumpovaného prostředí světového ropného průmyslu to byl jeho nejnáročnější projekt

Gaghan zahájil svou kariéru scénáristy v roce 1997, kdy napsal scénář teenagerského dramatu Havoc. Během přípravy na Traffic, napsal scénář k filmu Krvavá volba (režie Wiliam Friedking, výroba Richard Zanuck a Scott Rudin, v hlavních rolích Tommy Lee Jones a Samuel L. Jackson). Film byl do kin uveden v roce 2000. V roce 2002 Gaghan napsal scénář a ujímá se režie psychologického thrilleru Abandon. Gaghan se nechal vyloučit ze střední školy a cestoval po Evropě, navštívil Nepál, jihovýchodní Asii, Austrálii a Nový Zéland. Živil se příležitostnou prací - pracoval jako grafický designér, asistoval při focení pro časopis National Geographic.

Pracoval také v prestižním literárním časopise The Paris Review a publikoval krátké povídky v časopisech jako The Iowa Review. Přemístil se do Los Angeles, kde prodal svůj scénář producentovi Joelovi Silverovi ze studia Warner Bros. Díky tomu a jeho scénáři k nezávislé episodě New York Undercover se dostal k seriálu televize ABC American Gothic, pro níž napsal sedm z dvaceti jedna epizod. Krátce poté začíná Gaghan spolu s Michaelem Tolkinem ( The Player) pracovat na satirické komedii pro televizi HBO - příběhu o Billu Gatesovi a jeho společnosti Microsoft.

V tomto projektu můžeme vidět základ pro pozdější scénář $20 Billion, který byl prodán společnosti Paramount a umístil se první desítce hodnocení scénářů Premiére. Gaghan také napsal několik episod v oceněném dramatu The Practise Davida Kellyho.