Jan Hájek se narodil v Moravské Třebové, amatérské divadlo hrál již na místním gymnáziu. Režisér Sergej Fedotov mu umožnil asistovat u zkoušení své inscenace Mistra a Markétky v Hradci Králové v roce 1998, kde poté zaskočil roli Centuriona. Po čtyřech semestrech studia na JAMU v Brně (2001 až 2002) pokračoval v účinkování v Divadle Polárka (2000 až 2002), kde si zahrál několik výrazných rolí: Duncana v Shakespearově Macbethovi, Lindberga v adaptaci Brechtova Letu přes oceán, Malthuse v Stevensonově Klubu sebevrahů, Pana Dlouhého ve hře D. Fo: Archandělé nehrají biliard aj. V Divadle Polárka zaujal režiséra Juraje Deáka, který ho v roce 2002 obsadil do titulní role ve své inscenaci Hamlet v Národním divadle moravskoslezském v Ostravě, kde Jan Hájek získal angažmá v roce 2002. Tady sklízel úspěchy například v představeních Caligula, Elling a Kjell aneb Chvála bláznovství, Hadrián z Římsů, Macbeth, Pán Polštářů, Sladký život nebo jako Raskolnikova ve Zločinu a trestu. V Divadle Petra Bezruče v Ostravě hrál v představení Misery podle S. Kinga. Od sezóny 2006/2007 hraje v Národním divadle v Praze, aktuálně v představeních Doma, Revizor, Rock´n´Roll nebo Sluha dvou pánů, zkouší Mlynáře v Babičce. Letos získal Cenu Thálie pro mladého umělce do 33 let za loňský rok. Hostuje i v Činoherním klubu.

Ve vysílání Českého rozhlasu Ostrava v roce 2004 namluvil hlavní roli v komiksu Roger Krowiak. V České televizi chystá seriál z prostředí vodáků Proč bychom se netopili.