Jan Novotný se narodil v Táboře, ale vyrůstal v Sezimově Ústí. Původně vystudoval střední průmyslovou školu a až po vojenské prezenční službě nastoupil na DAMU, kterou absolvoval v roce 1979. Své první angažmá nastoupil v Západočeském divadle v Chebu (1979-1980), již po jedné sezóně pak přešel do Klicperova divadla v Hradci Králové (1980-1984). V polovině 80. let se pak trvale usadil v Praze, kde začínal v Divadle S. K. Neumanna (1984-1988) a v Realistickém divadle Zdeňka Nejedlého (1988-1990). V roce 1990 se pak stal členem činohry Národního divadla. V mládí se uplatnil především v klasice (Sen noci svatojánské, Revizor, Don Juan), na naší první scéně pak hrál i v moderně (Pan Paul, Návštěvní doba, Zpověď dítěte svého věku), znovu ale hrál i v divácky vděčných a zavedených dílech klasiků (Sluha dvou pánů, Běsi, Lakomec). Pohostinsky účinkoval také v novátorských představeních Divadla Komedie. V posledních letech se věnuje i divadelní režii, dvě inscenace realizoval na jevišti Strašnického divadla. Kromě působení v divadle pracuje také jako pedagog na pražské konzervatoři.

Ve filmu se Novotný objevil poprvé ještě jako student, hrál menší roli v psychologickém filmu ZRCADLENÍ (1977), jako herec hradeckého divadla se objevil například ve slovensko-německé pohádce SŮL NAD ZLATO (1982) nebo v kriminálce SMRT TALENTOVANÉHO ŠEVCE (1982). Více uplatnění nalezl v kvalitních televizních inscenacích (GOBSECK, 1985; MUŽ V POZADÍ, 1994; HODINA TANCE A LÁSKY, 2002), hrál také v několika televizních seriálech, v poslední době například v seriálu ORDINACE V RŮŽOVÉ ZAHRADĚ (2005-2006) nebo MÍSTO V ŽIVOTĚ (2006)a v seriálu Horákovi(2006). Za zmínku stojí jeho velká filmová role invalidního vdovce v pozoruhodném absolventském snímku MARTA (2006).