Jerzy Kowynia nikdy film nestudoval, absolvoval však vysokoškolská studia filozofie. Svůj první dokumentární film spolurežíroval až ve věku devětadvaceti let. Přestože svůj první počin uvedl na konci osmdesátých let, k pravidelnému natáčení se dostal až ke konci let devadesátých. V následujících letech svými dokumentárními snímky pravidelně přispíval do programu polské veřejnoprávní televize. Jeden z prvních výraznějších úspěchů představoval krátký dokument Lenin z Krakowa (1997), který se vracel k historické události – návštěvě Vladimíra Iljiče Lenina v Krakově. Film získal mnohá festivalová ocenění. Řadu snímků natočil v autorské spolupráci s Jerzym Ridanem. Po více než dvaceti letech jeho působení ve filmovém průmyslu se jeho režijním debutem v oblasti hraného filmu stal snímek Kamčatka (2013).