Jindřich Kotrla se narodil 7. března 1975 v Mostě, kde také ve třech letech dělal první hokejové krůčky. V útlém věku však nynější útočník HC MOUNTFIELD Jindřich Kotrla přešel do nedalekého Litvínova, kde prošel všemi mládežnickými oddíly a stal se dalším výtečným produktem vyhlášené litvínovské líhně.

Do extraligy nakoukl poprvé ve dvaceti letech. Za Litvínov, který tehdy vedl trenérský bouřlivák Josef Beránek, odehrál ve vstupním ročníku sedm střetnutí a při své premiéře na ledě Vsetína hned zaznamenal svou první branku extraligové kariéry. Jeho trefa však pouze mírnila prohru 3:7 na ledě pozdějšího extraligového mistra ze Vsetína, s nímž Chemopetrol později prohrál i čtvrtfinálovou bitvu.

Výrazněji se prosadil hned následující rok. Patřil k základním kamenům litvínovské sestavy a byl u toho, když Chemici sahali po největším úspěchu své novodobé historie. Tým, soustředěný kolem vycházející brankářské hvězdy Petra Fraňka a veterána Vladimíra Jeřábka, si odklidil z cesty v play-off postupně Zlín i Spartu a ve finále narazil na Petru Vsetín. Ani tentokrát však Severočechům nebylo přáno Valachy pokořit. Litvínov byl úspěšnější pouze v prvním utkání série. Pak již kraloval Vsetín a radoval se z druhého zisku mistrovského titulu po vstupu mezi českou hokejovou elitu.

Kotrla Litvínov poprvé opustil na podzim roku 1997, kdy byl poslán na hostování do Karlových Varů. V dresu západočeského celku si vyzkoušel roli, kterou doposud neznal. Becherovka válčila v základní části o holé přežití a nakonec extraligovou příslušnost uhájila před Opavou, která musela podstoupit nepříjemnou baráž místo ní. Podruhé odešel vyhlášený bojovník v létě roku 2004. To po něm mocně zatoužila pražská Sparta, kterou vedl kouč Slavomír Lener. Moc prostoru však Kotrla nedostal. Nejprve byl zraněný, poté jej trenéři týmu využívali především při obranných úkolech ve třetím útoku.

I proto se opět vrátil do Litvínova, který se po dobrém vstupu do ročníku 2004 / 2005 dostal do velkých potíží. Týmu se postupně zranili vůdci Robert Reichel s Martinem Ručinským a vidina účasti mezi nejlepšími osmi se mu začala ztrácet před očima. Kotrlův příchod mužstvo výrazně oživil. V osmi zápasech nasbírala nová posila mužstva devět kanadských bodů a výrazně pomohla týmu k postupu do play-off. Tam sice Litvínov podlehl v šesti utkáních Zlínu, ale Kotrlovy výkony byly hodnoceny vysoce kladně.

Sportovní manažer Chemopetrolu Robert Reichel o něj moc stál i nadále, ale jeho nabídku přebil v létě roku 2005 nováček z Českých Budějovic, což v Litvínově vyvolalo hodně zlé krve. Kotrla hrál výtečně hlavně v play-off. Spolu s Tomášem Vakem vytvořil nepřekonatelnou dvojici do oslabení a pomohl Českým Budějovicím vyřadit v prvním kole Liberec. V semifinále už toho kvůli zranění kolenních vazů moc nenahrál.

Chuť si spravil rok následující, kdy odehrál prakticky kompletní porci zápasů a coby bránící útočník nasázel svým soupeřům deset branek. Pozornost na sebe strhl hlavně ve čtvrtfinálové bitvě se Slavií Praha, proti které nasbíral během šesti zápasů hned pět kanadských bodů. V semifinále pak jeho celek narazil na Pardubice, přes které si však cestu do přímého souboje o český titul neproklestil.

Za reprezentaci České republiky nastoupil k osmnácti utkáním, zahrál si i na světovém šampionátu, který se konal v Helsinkách v roce 2003. Přestože Litvínov ten rok nedopadl v extralize zrovna slavně a v základní části jen z povzdálí sledoval boj o elitní osmičku, neváhal jej kouč Slavomír Lener do Finska vzít. Tehdy osmadvacetiletý forvard odehrál všech devět utkání a přispal si jednu přihrávku.