Narodil se 5. ledna 1967 v Los Angeles, ale od šesti let vyrůstal na malém ranči poblíž města Reno. Jeho rodiče (John a Nancy) stále žijí v místě jeho dětství.

Od 14-ti let navštěvoval Joe internátní školu v Kalifornii. Během studia si zahrál Stanleye Kowalskiho ve školní produkci hry „A Streetcar Named Desire“. Titul v oboru historie získal na univerzitě v Coloradu, tam se také objevil ve známé Shakespearově hře „Coriolanus.“ Během prvního roku studia na vysoké škole se zúčastnil programu vzdělávání mládeže v cizině, což mu umožnilo roční studijní poby v Paříži. Po ukončení studií vystřídal mnoho zaměstnání - od bankovnictví až po politiku, ale v žádné z těchto činností nenašel uspokojení. Tou dobou žil v New Yorku a jeho sousedem byl herec, který Joea dlouho přesvědčoval, aby se dal na hereckou dráhu také. Joe se nechal přesvědčit a vystudoval herectví v Newyorském „Neighborhood Playhouse“.
První herecká zkušenost byla v reklamě. V roce 1994 dostal svou první „opravdovou“ roli v miniserii NBC RODINNÉ ALBUM. Joe si později dokonce zahrál po boku George Clooneyho v seriálu "SISTERS" a o objevil se i v seriálu "FIRST MONDAY". Dále hrál epizodní role v seriálech "BIRDS OF PREY", "JUDGING AMY" a stejně tak v "MURPHY BROWN", kde si zahrál Murphyina obdivovatele Scotta. Flanigan také opakovaně hrál v seriálech "PROVIDENCE", "CUPID" a "DAWSONŮV SVĚT". Také hrál hlavní role v počtu televizních pilotech včetně THE PRECINCT, SHERMAN´S MARCH, THE FORCE, MAN-MADE, CLUB PRADISE a 111 GRAMERCY PARK.

Joe nesnáší plavby lodí – toho se týká i jeho nejhorší noční můra – uvíznutí na lodi. Kromě herectví si Joe vyzkoušel i profesi lyžaře a stále je nejraději venku. Jeho oblíbené aktivity jsou lyžování, horolezectví, surfing, tenis, cyklistika v horách a jízda na koni. Joe je ženatý s Katherine Flanigan, společně mají dvě děti. Nyní žijí ve Vancouveru, kde Joe momentálně hraje v jeho prozatím nejúspěšnějším seriálu STARGATE: ATLANTIS, mimo hraní také napsal epizodu Epiphany pro druhou sérii tohoto sci-fi seriálu.