Martin Hujsa začínal s hokejom v rodnom meste, v klube HK 36 Skalica, kde odohral päť kompletných sezón v rámci slovenskej hokejovej extraligy a presadil sa ako úspešný zakončovateľ.Pred ročníkom 2003/04 ho angažoval HC Slovan Bratislava, v nasledujúcej sezóne s ním získal svoj prvý majstrovský titul. Ďalší rok bol až do zlomeniny ruky najproduktívnejším hráčom celej slovenskej extraligy.

V sezóne 2006/07 zväčša hrával na pozícii centra (napr. s Marekom Uramom a Vorelom), no príležitostne sa objavoval aj na pravom krídle. Už v závere novembra sa mu však obnovilo zranenie navikulárnej kosti a sezóna sa pre neho skončila. Napriek tomu (resp. podľa manažéra klubu Róberta Pukaloviča práve preto) s ním vedenie predĺžilo zmluvu o ďalší rok - do konca sezóny 2008/09.

Zaujímavosti
Martin Hujsa patrí medzi najľahších hráčov slovenskej extraligy, vo svojich začiatkoch v tejto súťaži vážil len 63 kg.