Narodil se 21. ledna 1970 v Ostravě coby „divadelní dítě“. Téměř všichni z jeho nejbližších příbuzných totiž měli nebo mají s divadelními prkny něco společného: dědeček Josef Zajíc byl divadelní ředitel a režisér, otec Jan Zajíc také divadelní režisér a matka Hana Zajícová tajemnice divadla. Není tedy divu, že se po studiu gymnázia a dvou letech na Vysoké škole chemicko-technologické rozhodl pro divadlo. Na pražské DAMU, pod vedením Luboše Pistoria a Jana Buriana, absolvoval v roce 1994 inscenací Dostojevského Idiota obor režie a dramaturgie.

V letech 1995–2002 byl angažován v pražském divadle Rokoko. Mimo jiné zde uvedl Williamsovu Tramvaj do stanice touha, Pana Hamilkara Y. Jamiaqua, Oddací list E. Kishona či jednu z nejnavštěvovanějších inscenací – Čarodějky ze Salemu A. Millera. Kromě toho jako hostující režisér působil v Klicperově divadle v Hradci Králové, Divadle J. K. Tyla v Plzni, Moravském divadle Olomouc, pražském Divadelním studiu Rubín, Středočeském divadle Kladno a pražském Dejvickém divadle. V současnosti zkouší v kladenském divadle inscenaci hry Terasa, jejímž autorem je Jean-Claude Carriére. V září 2005 byl Ondřej Zajíc jmenován ředitelem Městských divadel pražských.

O tom, že divadlo se musí dělat především srdcem, přesvědčil řadu studentů Vyšší odborné školy herecké, s nimiž mimo jiné nastudoval Molièrova Tartuffa, Tanec na konci léta Briana Friela či Čechovovy Tři sestry. Ondřej Zajíc působí také na DAMU.