Narodil se v Pietrelcině v Itálii a byl pokřtěn v kostele sv. Anny v Pietrelcině. V raném věku, v 16 letech vstoupil 6. ledna 1903 do noviciátu kapucínského mužského kláštera v Morcone, kde dne 22. ledna oblékl františkánský hábit a jméno bratr Pio. Poté složil jednoduché řeholní sliby a 27. ledna 1907 slavné řeholní sliby.

V roce 1910 byl vysvěcen na kněze v katedrále v Beneventu. Ustanoven u Santa Maria degli Angeli v Pietrelcině, protože měl podlomené zdraví. Ze zdravotních důvodů zůstal se svou rodinou až do roku 1916. Později odešel na žádost svých představených do kláštera v San Giovanni Rotondo, a setrval tam až do své smrti. V letech 1917-1918 sloužil u italských pomocných jednotek. V roce 1918 se u něj objevila stigmata (poté co se nabídl jako smírná oběť za zločiny během I. světové války), která nosil až do smrti a zpočátku byl kvůli nim považován za podvodníka. Až když lékaři vyvrátili, že by si rány způsobil sám, byl podezření zbaven. V roce 1940 vypracoval plány pro stavbu Domu pro úlevu trpícím; tato nemocnice byla otevřena v San Giovanni Rotondo v roce 1956. Padre Pio byl za svého života vyhledávaným zpovědníkem, vedl rozsáhlou korespondenci, se kterou mu pak pro rozsah museli pomáhat další řádoví spolubratří.

Za doby komunistického totalitarismu např. předpověděl i Františku Tomáškovi, že nezemře, dokud nebude jeho vlast svobodná (František Tomášek zemřel roku 1992).

Páter Pio byl prohlášen za ctihodného dne 18. prosince 1997 papežem Janem Pavlem II., ten jej také 2. května 1999 zapsal mezi blahoslavené. Dne 16. června 2002 pak byl kanonizován, tj. prohlášen za svatého; této události se v Římě zúčastnilo kolem půl milionu lidí.

Dne 1. července 2004 byl páteru Piovi v San Giovanni Rotondo, na místě, kde žil, zasvěcen kostel.