Thomas Heise se zpočátku živil jako tiskař a po vojenské službě začal pracovat jako asistent režie ve studiích DEFA. V letech 1978–83 studoval na Vysoké škole filmové a televizní Konrada Wolfa. Jeho dokumentární debut Wozu denn über diese Leute einen Film? (1980) byl natočen na filmový materiál pořízený na černém trhu a následně zakázán. Heise poté opustil studia. Živil se na volné noze jako autor a režisér. Až do pádu Berlínské zdi nebyl žádný z jeho filmů promítán. Dokument Eisenzeit (1991) byl uveden na Berlinale, stejně jako Stau – Jetzt geht’s los (1992). I další jeho snímky bývají uváděny na prestižních filmových přehlídkách v celé Evropě. Ve svých filmech se Heise často zabývá lidmi na okraji společnosti, do jejichž prostředí se snaží postupně pronikat. Věnoval se též divadelní režii. Od roku 2007 působí jako pedagog na univerzitě v Karlsruhe.