Václav Krška se narodil jako jediný syn řezníka a hostinského, který záhy zemřel.

Se studiem začal na písecké reálce a po provdání matky za bohatého mlynáře a statkáře se přestěhovali do Heřmani. Po smrti otčíma (1927) sám spravoval celý mlýn; po smrti matky (1937) ho pronajal a pak i prodal. Nato žil střídavě v Písku a v Praze.

Od dětství ho zajímalo loutkové divadlo. Jako student vedl v Heřmani ochotnický kroužek, kam zval i známé herce (např. Eduarda Kohouta), aktivně se účastnil společenského života; psal básně, povídky i romány. Nejdříve tíhnul k spisovatelské činnosti a jako velký romantik a lyrik miloval dílo a styl spisovatele a anarchistického buřiče Fráni Šrámka, se kterým se přátelil a nechával si od něj posuzovat svá díla.

Rovněž je autorem románů Zapomenutý rok, Toužení pod javorem a Hlas nejvroucnější z trilogie Země hovoří, divadelních her, románů Odcházeti s podzimem a Klaris a šedesát věrných.

Díky své ochotnické praxi mohl v nově otevřeném divadle v Písku zdramatizovat román Fráni Šrámka Stříbrný vítr (1939), jenž zpracoval jako filmový scénář.
V této době se začal i blíže seznamovat s filmem a podle svého románu „Odcházeti s podzimem“ napsal scénář k filmu Ohnivé léto (1939), který spolu s Františkem Čápem i zrežírovali. Do světa filmu se začíná dostávat hlouběji díky psaním scénářů pro Františka (Noční motýl) a pro sebe (Kluci na řece, Řeka čaruje, Mladá léta, Měsíc nad řekou, Stříbrný vítr, Poupě či Jarní vody).

Svůj zájem však stále více směřuje k filmové režii. Jako režisér byl v českém filmu ojedinělým zjevem. Právem se mu říká básník filmového obrazu. Ve svých snímcích projevoval neuvěřitelný smysl pro lyričnost, básnický výraz, poetiku a stylizaci. Opíral se o nejlepší spolupracovníky, ať již o skladatele, kameramany či herce, které často neváhal obsazovat i do epizodních rolí.

Pět let po svém debutu režíroval poetickou komedii Kluci na řece (1944). Jako samostatný režisér natočil na konci protektorátu baladický příběh Řeka čaruje (1945).

Po válce se začal věnovat dlouho opomíjenému žánru životopisných filmů, jejichž formu se snažil dovést k naprosté dokonalosti.

K režisérským vrcholům Václava Kršky patřily 50. léta a jím maximálně lyrické a dokonale zfilmované Šrámkova stěžejní díla Měsíc nad řekou (1953) a Stříbrný vítr (1954).

Nelze se nezmínit o natočení (v čs.–bulharské koprodukci) pohádkových příběhů Legenda o lásce a Labakan (1956), kde hlavní role ztvárnila nadějná mladá herečka Jana Rybářová, která v roce 1957 spáchala sebevraždu (spekulovalo se o tom, že v pozadí byl nenaplněný vztah k opernímu pěvci Přemyslu Kočímu, který byl v té době ženatý.

Kromě cen na světovém festivalu v Benátkách získal Václav Krška i Národní (1940, 1949) a Státní (1952) cenu, Uměleckou prémii (1953) a titul zasloužilého umělce (1967).