Sneijder debutoval v reprezentace do 21 let 28. března 2003 proti Česku. Za národní tým měl debut o měsíc později 30. dubna proti Portugalsku, kdy odehrál celý zápas. Tehdy mu bylo 18 let a 325 dní. Ještě více dal o sebe mladý Sneijder vědět v kvalifikaci na EURO 2004, kde se zařadil mezi největší talenty. Na Euru samotném si příliš nezahrál.

Ačkoli se narodil v Utrechtu, fotbalovou kariéru od útlého dětství budoval v Ajaxu Amsterdam. K herní dokonalosti mu dopomohl i Danny Blind, který ho naučil poziční hře, kterou využíval už pod vedením Ronalda Koemana. Průlom přišel v sezoně 2002/03. Jak sám uvedl, nejbláznivější a zároveň nejkrásnější týden zažil, když si zahrál čtvrtfinále Ligy mistrů proti AC Milán a v témž týdnu měl reprezentační premiéru.

V sezoně 2003/04 vstřelil devět gólů v 30 utkáních a přispěl tak Ajaxu k opětovnému získání titulu mistra Nizozemska.

Přestože pro něj sezona 2004/05 nezačala dobře, ve finále nizozemského superpoháru vstřelil vítězný gól, díky němuž Ajax porazil FC Utrecht.